Les élèves de L'ESA obtiennent deux diplômes. L'enseignement spécifique, d'un volume de 1800 heures réparties sur les 6 ans d'études à l'ESA, est sanctionné par un Mastère spécialisé délivré par la Conférence des Grandes Ecoles. Il complète le master en santé délivré par la faculté de Lyon 1.