1. Académique
Les élèves de l’Ecole de Santé des Armées sont à la fois étudiants en médecine et élèves officiers. Ils suivent l’enseignement de l’université Claude Bernard (Lyon 1) et sont soumis aux mêmes examens et stages hospitaliers que leurs camarades civils.
L’ESA leur apporte un soutien universitaire supplémentaire sous la forme de contrôles de connaissances et d’enseignements dirigés dispensés tout au long de l'année par des enseignants détachés de l'Education nationale ou des praticiens du service de santé des armées.
2. Militaire
Pour se préparer à l'exercice de leur futur métier, les élèves suivent un enseignement spécifique d’environ 1800 heures réparties sur les 6 années d’étude, sous forme de stages en unités, stages aguerrissement, conférences défense et métier, modules de sauvetage au combat, séances d’EPMS. Durant les vacances scolaires, les élèves suivent les formations militaires sur le terrain : initiale en aout après l’incorporation, complémentaire en février en 2e année, spécialisée en juin en 3e année. Ils peuvent aussi passer des brevets militaires et réaliser des stages à l’étranger.
